Обособленным подразделением является любая «точка» компании, где оборудованы стационарные рабочие места (п. 2 ст. 11 НК РФ). В данном случае неважно, указана она в учредительных документах фирмы или нет. При этом место признается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца. Обособленное подразделение компания должна поставить на учет в налоговой инспекции по месту его нахождения. Причем на это ей отводится один месяц (п. 4 ст. 83 НК РФ).
Таким образом, если работы выполняются по контракту более одного месяца необходимо регистрировать обособленное подразделение по месту проведения работ.
По поводу командировочных.
В статье 166 ТК РФ указано, что служебная командировка - поездка работника по распоряжению работодателя на определенный срок для выполнения служебного поручения вне места постоянной работы. Служебные поездки работников, постоянная работа которых осуществляется в пути или имеет разъездной характер, служебными командировками не признаются.
В ст 168.1 ТК РФ указаны случаи, в которых служебные поездки сотрудников командировками не признаются. Здесь командировочные расходы платиться не будут, а будет платиться компенсация за разъездной характер работы, смысл практически один и тот же но оформление различно. В плане налоговой нагрузки на предприятие разъездная работа выгоднее чем командировки.